Kantor Kementerian Agama Kabupaten Banjarnegara merupakan kepanjangan tugas dan fungsi dari Kementerian Agama, yang telah mengalami perjalanan panjang khususnya di Kabupaten Banjarnegara sejak tahun 1954 dengan nama Kantor Departemen Agama, dipimpin oleh seorang Penghulu bernama KH.M Humam.
Seiring dengan semakin banyaknya karyawan ada yang ada di lingkungan Departemen Agama Kantor Kabupaten Banjarnegara, kantor yang terletak di Jalan Selomanik dirasa kurang representatif, kemudian dirintis pembelian tanah dan juga pembangunan Kantor Departemen Agama di Jalan Pelajar No 44 Banjarnegara.
Pada tahun 1996, Kantor Departemen Agama Agama Kabupaten Banjarnegara resmi berpindah dari Jalan Selomanik ke Jalan Tentara Pelajar No. 44 Banjarnegara hingga saat ini.
Berikut ini adalah nama pejabat (Kepala Kantor) Departemen Agama/ Kementerian
Agama Kabupaten Banjarnegara sejak 1954 hingga sekarang, yaitu :
1. H.M. Humam (1954 – 1973)
2. Drs. H. Rahmat Sukantiyo (1973 – 1980)
3. Drs. H. Muchsin (1980 – 1989)
4. Drs. H. Ngisa M (1989 – 1991)
5. Drs. H. Zarkasi (1991 – 1994 )
6. Drs. H.M. Masduqie (1994 – 2000)
7. Drs. H. Imam Mutarosihah (2000 – 2005)
8. H. Soenaryo, S.Ag.M.Pd (2005 – 2007)
9. Drs. H. Jamun, M.Pd (2007 –2009)
10. Drs. Sulaiman Affandi, M.Ag (2009 – 2010)
11. Drs. H. Farhani, SH.MM (2010 – 2016)
12. H. Masdiro, S.Pd, MM (2017 – 2020)
13. Dr. H. Agus Suryo Suripto, S.Ag, MH (2021 – 2022)
14. H. Karsono, S.Pd.I, MM (2022 – sekarang)
