Berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 19 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementerian Agama, Tata Organisasi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Banjarnegara terdiri dari
- Subbagian Tata Usaha
- Seksi Pendidikan Madrasah
- Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren
- Seksi Pendidikan Agama Islam
- Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah
- Seksi Bimbingan Mayarakat Islam
- Penyelenggara zakat dan Wakaf
- Kelompok Jabatan Fungsional
